Ingresado en la Compañía de Jesús después de hacer los Ejercicios Espirituales con Diego Laínez, Juan Alfonso de Polanco fue el secretario, el hombre de confianza, "memoria y manos", de los tres primeros Generales de la Compañía: Ignacio de Loyola, Diego Laínez y Francisco de Borja. Pero fue algo más que eso: fue uno de los silenciosos arquitectos de la nueva Orden, aprobada en 1540. Asistente general y Vicario de la Orden; teólogo en Trento y profundo conocedor de los Ejercicios Espirituales; hombre de consejo; profesor y riguroso historiador de los primeros años de la Compañía de Jesús, Polanco, además, no se vio libre del conflicto.
