Basada en hechos reales, Las flores de la guerra narra la conmovedora historia de un sacerdote estadounidense que durante la invasi n japonesa a Nanking en 1937 queda al cuidado de unas niñas huérfanas. Huyendo de la masacre también se refugian en su misi n trece prostitutas y soldados chinos heridos. Ante la sospecha, el ejército japonés asalta la misi n, asesina a los soldados, y exige llevarse a las niñas para una representaci n musical que todos saben será una trampa. Es entonces cuando las prostitutas y el sacerdote conciben el plan más arriesgado